Tak w skrócie, każdy model składa się z vertexów, istnieją dwa sposoby animowania ich:
-animacja szkieletowa - użyte w przypadku zbroi, każdy wierzchołek ma przypisane parę kości z różną siłą i jest przekształcany na tej podstawie, ogólnie skomplikowana implementacja i nie chce mi się o tym pisać.
-animacja verteksowa- to co nas w tym przypadku interesuje. O wiele bardziej proste i prostackie rozwiązanie, wymaga posiadania paru modeli "kluczy"(każdy musi mieć taką samą ilość wierzchołków) i wszystkie pośrednie stany są interpolowane. Aby to zrozumieć trzeba najpierw dowiedzieć się jak zapisany jest model.
W celu ułatwienia przykładu ograniczmy się do samych punktów ignorując trójkąty tworzące faktyczną widzialną powierzchnie ponieważ nie mają one znaczenia przy animacjach.
Model trójkąta składa się z trzech wierzchołków, każdy z nich posiada

gdzie numer jest indywidualnym numerem porządkowym wierzchołka, xyz to współrzędne w przestrzeni trójwymiarowej, dodatkowo istniją jeszcze koordynaty tekstury U i V ale to nie ma znaczenia w przypadku animacji.
Naszym celem jest uzyskanie trójkąta w którym górny wierzchołek przemieszcza się w animacji w prawo. W związku z tym potrzebujemy końcowy klucz animacji

Ale nasz edytor w trakcie importu przelicza geometrie na swój sposób i zmienia kolejność wierzchołków
| w edytorze | oryginalny |
 |  |
Zwróć uwagę że wygląda tak samo mimo że kolejnośc wierzchołków jest inna.
Gdy dodamy do niego klatkę animacji przeznaczoną na bazowy model która przesuwa trzeci wierzchołek na (1,1,0) otrzymamy coś takiego

Co diametralnie różni się od zamierzonych efektów.

Tak więc musisz albo ręcznie utworzyć kolejne klatki animacji albo użyć importera i eksportera który wymusza zachowanie kolejności wierzchołków, ale nie mam pojęcia czy istnieją takie opcje w oprogramowaniu które używasz.